抗疫神器:没有它,新西兰疫情恐怕早已泛滥
2020年11月26日 10:28病毒从何而来?新病例还是与已知病例相关?本土传播还是旅行感染?是否存在遗漏的传播链?这些都要靠病毒基因组测序来给出答案。
新西兰中文先驱网 Charles 综合
新西兰航空公司一名机组人员,在中国的例行检查中呈阳性,于昨日(11月25日)乘坐一架货运飞机返回新西兰,以避免与其他乘客接触。
机组成员和他们的7名密切接触者现在被隔离在奥克兰Jet Park酒店。
RNZ报道,卫生官员一直以对待社区病例的标准,调查和追踪这一病例。
ESR(新西兰环境科学研究所)正在加紧对该病例的病毒基因组进行测序,并将其与数据库中的其他样本进行对比。
“我们几乎已经拼出了新西兰疫情的全貌,但仍然有很小的可能性,社区中还存在一些我们没有发现的东西。”ESR科学家Joep de Ligt对RNZ Checkpoint说。
“这种可能性很小,因为新西兰的检测工作做得很好,我们几乎了解了全部情况,但不能排除这种可能性。”
“整体看,我们对病例的研究覆盖率达到80%左右。在过去的几个月里,这一数字是90%。”
“在一些情况下,我们没有足够的RNA来得到一个完整的基因组,但我们已经尽力做到最好。这种情况可能是因为这个人曾经感染过,但现在体内已经没有足够多的病毒。”
de Ligt说,ESR的科学家们正努力将研究覆盖率保持在90%以上。
“我们将对所以样本进行测序,以确保接近90%的标准。如果我们有这种规模的覆盖率,我们也就可以开始对缺失的那部分得出一些结论。”
“如果这些是历史性的病例,它们导致进一步传播的可能性也会降低,所以即使遗漏,也不会很糟糕。”
目前,有一个全球新冠病毒基因组序列数据库,科学家可以在上面上传本国的信息,也可以下载他国的病毒序列。
“如果我们找不到与新西兰基因组的关联,我们可以看看其他国家的基因组。如果它与某个国际基因组非常接近,那么就有可能是旅行相关感染,我们会开始更详细地研究机场,或某个人搭乘过的航班。”
de Ligt介绍,一个基因组序列是3万As、Ts、Cs和Gs连续排列。
“基因组有点像每种病毒都携带一本说明书。当病毒进入人体细胞时,会根据说明书中的指令复制更多的病毒。”
“病毒的传播就像是人们分享一份食谱,每个人都会根据自己的口味做出调整。比如你从网上下载了份食谱,里面让你只放一片大蒜,但作为大蒜爱好者,你多放了两片。这就形成了你自己的食谱,如果你再把这个食谱分享给别人,他们会演变出更多的版本。”
de Ligt说,在“11月检疫集群”中,除了一个基因组外,所有基因组都是相同的。
然而,基因组测序并不能解释病毒如何从一个人传播到另一个人。
“这是公共卫生部门和流行病学家调查的领域。”
“每当病毒感染一个新的个体,就可能产生变异,所以,感染的人越多,变异的几率就越大。”
“例如,8月奥克兰疫情暴发时,有些病例的基因组序列相比最初的病例发生了4次突变。
“当你突然发现一例病例,其病毒离你所知的上一例有过了两到三次基因突变,你就要开始犯愁了,因为中间一定有未被发现的传播链。”
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