专家担忧:基因组测序“不完整”,或无法及时识别新变种
2022年4月4日 14:50“根据目前的测序覆盖范围,在被检测到之前,某些病毒变种可能已经传播了许多周。”
新西兰中文先驱网 Sophie 编译 据英文《先驱报》报道,专家们担心,下一个重要的新冠变种可能在我们发现它之前几周就开始在新西兰传播,因为在本轮Omicron暴发的过程中,基因组监测“不完整”。
全基因组测序——能创建特定的新冠变种感染的基因指纹——在我们的大流行应对中发挥了关键作用。
它帮助官员们搞清楚了神秘的感染事件,解开了复杂的传播链,并监控着潜伏在我们社区中的变种。
奥克兰大学计算生物学家David Welch说:“基本的科学问题,如病毒突变的速度、在哪里突变、哪些突变对病毒的传播有影响,几乎都是由基因监测报告的。
“新西兰是检测的一部分,因为我们这里有突变,所以我们必须坚持和全球一起行动。”
但Welch担心现在我们的监管会松懈。
全基因组测序只分析一小部分样本
在采取彻底消除病毒战略的那个时期,实验室对几乎所有病例都进行全基因组测序,但Omicron如海啸般的暴发意味着现在只分析了来自社区的一小部分样本。
12月14日至3月28日期间,在新西兰环境科学研究院(ESR)的EpiSurv系统中记录的595243例阳性病例中,只有6341例(占1.1%)被转给了ESR进行测序。
在过去两周内,在约232556例病例中,只有825例(0.4%)至少测序了一个样本,而其中边境病例约占60%。
卫生部告诉英文《先驱报》,现在平均每天有大约1.5万例社区新病例——其中许多是通过快速抗原检测自我报告的——对每个病例进行测序“不再可能”。
哪些病例样本会做测序?
目前卫生部门仍在做PCR检测——为那些快速抗原检测呈阳性的国际入境者确诊,还有一些“挑选的”社区病例,以帮助新西兰监测新冠变种。
根据我们目前的战略,优先做基因测序的病例包括:所有边境病例;疑似再感染的病例;以前没有新冠病例的地区的病例;在医疗护理和高危人群中的病例;或病情异常严重,尤其是接种了疫苗的病例。
其次,各地医管局(DHB)被要求将随机选择的阳性拭子样本送到ESR,目的是了解具有代表性的感染情况,并考虑诸如地点、年龄、种族、疫苗接种和社会人口状况等因素。
专家认为需要改进
尽管有这些检查和措施,Welch还是认为需要再改进。
“作为黄金标准,世界卫生组织建议对10%到15%的病例进行测序。
“在目前的系统中,我们只对非常小的一部分病例进行了测序,或者说每周只有四五百个病例。”
他说,目前只有三分之一的住院病例正在进行测序,但我们对此类严重感染的基因测序覆盖率应该接近100%。
“诊断实验室似乎也出现了问题,每天的PCR检测仍检测出400多个病例,但许多阳性病例的拭子目前没有被送去测序。
“诊断实验室处理这些样本确实需要一段时间,但他们还需要对这些样本进行物理包装,并将它们送到ESR,这需要资源。
“如果这些实验室资金紧张,没有钱来做这项工作,他们就不会去做。”
Welch说,目前的地理覆盖范围特别不均衡。
“因此,在某些DHB区域可能存在一种新变种,使人们住院并使他们病情加重,但我们还不知道它。
“另一个风险是跨境病例。我们看到海外出现了病毒重组,导致了新变种的产生。
“因为我们没有对所有的住院病例和最近从海外抵达的病例进行测序,我们不知道这里是否有了新变种。”
另一名病毒学家有同样的担忧
奥塔哥大学病毒学家Jemma Geoghegan也表达了同样的担忧。
“我们需要了解所有住院病例,和所有的边境病例。”
当被问及边境的威胁时,卫生部告诉英文《先驱报》,它仍然“高度相信”所有抵达边境的新变种都会被识别出来。
但Welch和Geoghegan还是担心,病毒入境了新西兰后,可能仍然需要时间来发现它。
Geoghegan说:“考虑到我们现在测序的病例比例很小,如果全世界都知道了有一种新的变种,那么在新西兰发现它可能还需要很长时间。”
她表示,当流感和麻疹也重新回到新西兰时,测序需求将变得更加迫切。
Welch补充说:“根据目前的测序覆盖范围,在被检测到之前,某些病毒变种可能已经传播了许多周。
“我们的新冠应对很大程度上是基于尽早获得信息并能够迅速采取行动。低测序覆盖率会危及这一点。”
最后,Welch说,需要 “协调一致共同行动”,确保新西兰实现更高水平的测序覆盖,在此过程中,所有各方需同意制定一个透明的计划。
“到目前为止,情况是拼凑在一起的,但在大流行的多数时间里运行得相当好。
“我觉得,正是在Delta暴发的高峰时期,开始出问题了——我们再也没有回到我们想要的高水平测序。”
卫生部表示,对非边境病例的全基因组测序指导方针进行了“审查和必要的调整”,以确保不做不必要的测序,并确保需求不会超过能力。
关于感染流行率调查
就专家们迫切希望看到的新冠应对应该加强的方面来说,基因组测序并不是唯一的领域。
上个月,建模专家说,新西兰没有像英国国家统计局那样正在做的感染流行率调查,是在“盲飞”。
为了直接估计人口中的感染人数,该调查每周抽取15万个样本,定期提供每日感染人数的大致情况,以及新冠抗体检测呈阳性的英国人的百分比。
卫生部计划未来几个月在新西兰开展一项调查,但目前尚不清楚是否会像英国那样进行纵向调查。
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